Бакалавриат и магистратура:
Католическо-теологический факультет
Протестантско-теологический факультет
Гуситско-теологический факультет
Юридический факультет
Первый медицинский факультет
Второй медицинский факультет
Третий медицинский факультет
Факультет искусств и философии
Факультет естественных наук
Факультет математики и физики
Факультет образования
Факультет социальных наук
Факультет физкультуры и спорта
Факультет гуманитарных наук

Подготовительные курсы при Университете. Учебная программа рассчитана на 6 месяцев или  год. Поскольку, чешский язык близок к русскому, за один год можно достичь хорошего уровня начав с нуля. Обучение на чешском языке бесплатно. Подготовительные курсы могут быть на английском языке с дальнейшим обучением на платном английском отделении.
Условия поступления: необходимо оформить нострификацию аттестата и сдать вступительные экзамены.
Начало обучения: сентябрь.
Срок обучения: бакалавриат 3-4 года, магистратура 4-6 лет.